S’il a eu le mérite d’assurer la sécurité alimentaire et de faire chuter les prix des denrées, le système agro-industriel, fruit d’une révolution engagée au cours du XX^e siècle, semble aujourd’hui à bout de souffle. Infertilité croissante des sols, pollution des eaux aux nitrates, maladies liées aux pesticides, disparition des insectes et d’innombrables espèces animales… Pour les défenseurs de l’environnement et pour la communauté scientifique – mais aussi pour une bonne partie du monde paysan –, il est urgent de changer de cap pour sortir de l’impasse, en s’engageant pour une agriculture durable et respectueuse de l’environnement. Mais par quels moyens ? Un passage au "tout-biologique" est-il possible ? Faut-il réformer les règles de l’agriculture conventionnelle ? Quel avenir pour la permaculture, modèle écologique au rendement remarquable ?

Les réalisateurs de ce documentaire ont accompagné une année durant des paysans en quête de solutions alternatives en France et en Allemagne, pour tenter de répondre à ces questions essentielles. Les défis d’une autre agriculture aborde également le rôle capital du politique et de l’Union européenne en particulier – sans oublier les comportements des consommateurs – dans ce changement de paradigme.